Paper out!

Today, Cassie’s and my article on metagenome-assembled genomes in two hot springs of Kamchatka, Russia was published in Scientific Reports. Cassie and I only analyzed the data. The whole story is much older and involves many more people, including Elizabeth Burgess who originally collected the samples as a graduate student in Jürgen Wiegel’s lab. Or Russell Neches, who went to Kamchatka himself and had played with this dataset before us. And Ray Keren who encouraged and distracted me with his fascination for arsenic biochemical pathways.

Laura Hug led the way in the beginning and Chris Brown provided the tools when we got stuck.

We are all working really hard and sometimes don’t even find the time to celebrate or to be proud. I had a hard time today to enjoy. Now it is sinking in slowly. I am incredibly proud of Cassie. Working on this project with Cassie cheered me up, it motivated me to do things right, and it gave me a strong feeling of peace.

We learned a lot and we tried to do it right. In every aspect. Guillaume showed us many tricks. And Jonathan believed in us.

And A. Murat Eren was very important too. A bright star on the horizon. And the Banfield lab. We got a lot of inspiration. Obscure archaea are awesome.

At some point, when we are all a bit less busy, Jonathan might write a blog post about the background and history of our article…

The article itself can be found here:

#istmobiome workshop in Panamá

I am writing a personal blog post about my most recent Panama trip. A more scientific summary will follow soon through RCN’s website about evolution in changing seas.

I flew to Bocas del Toro on November 27th to finalize our workshop preparations with the two co-organizers Matthieu Leray and Jarrod Scott at STRI (Smithsonian Tropical Research Institute). We took care of the last logistical preparations and rehearsed our presentations. Ben Yuen from the Petersen lab in Vienna also arrived early and helped us with the workshop preparations. He also joined me on my hunt for lucinid clams.

Jarrod @metacrobe, myself @M_helvetiae, and Matt @Matt_Leray

Ben and I digging for clams at the STRI dock in Bocas del Toro

Maggie Sogin @MaggieSogin is giving us mental support. And it helped!

Ben and I searched all over the Bocas del Toro archipelago for Codakia, Ctena and Clathrolucina species. These are clams that live in seagrass. They have bacterial symbionts  in their gills that are able to oxidize sulfide. The clam filters water that is rich in sulfur through its gills. The endosymbiont bacteria are able to use these compounds to fix carbon. This carbon is then used as nutrients for its host – the clam. Seagrass beds are very rich in sulfides and lucinid clams have evolved a three-way symbiosis with seagrass and their bacterial endosymbionts. Because of the lack of oxygen in coastal marine sediments, dense seagrass meadows produce sulfide-rich sediments by trapping organic matter that is later decomposed by sulfate-reducing bacteria. The lucinid-symbiont holobiont removes toxic sulfide from the sediment, and the seagrass roots provide oxygen to the bivalve-symbiont system. 

Thalassia seagrass habitat

Lucinid clams checking out what’s going on?!

Funded by the Gordon and Betty Moore foundation, I am studying how this symbiosis evolved after the rise of the isthmus of Panama. I am also looking at patch effects and comparing local populations on both sides of the isthmus. My project is based on population genetic and coalescent theory. I am collaborating with ecologists in Vienna – the Petersen lab, and at Stony Brook University – the Peterson lab!

Ben and I found a valuable set of clams before, during and after the workshop!

Snorkeling and digging…

Two Ctena imbricatula individuals!

And more digging. We need bigger sample sizes…

A very happy digger!

We are being stalked by Jonathan’s underwater drone!

Trident, one of the top ten drones on the market:

The workshop itself took place from December 3rd until the 8th. Matt, Jarrod and I prepared the whole program which mostly consisted of questions that the participants would answer in groups, followed by plenary discussions. We also sprinkled in a few lightning talks to learn more about each other’s research. And we organized two excursions. One was a snorkeling trip to familiarize everybody with the different marine habitats and ecosystems at Bocas del Toro. The other one was of palaeontological nature where we went to an island with plenty of fossils. We brought a few hammers and collection bags. Everybody would spread out and collect fossils. Most of these fossils are more than 3.5 Million years old. This is older than the isthmus, hence these fossils lived in the big ocean that was later split into Pacific Ocean and Caribbean Sea. This excursion was led by Aaron O’Dea. It was my personal highlight. I got very emotional. Happy. Standing there and embracing one of the most awesome natural Darwinian experiments by nature.

Lots of fun in class…

… and in the field!!! Wall of fossils on the right and the isthmus straight ahead.

The raise of the isthmus of Panama is not only the playground of our research, it also affected the evolution of us humans. I learned at the Biomuseo in Panama City that the closure of the isthmus gave birth to the Gulf Stream. The Gulf Stream affected the climate all over the planet. It was after the final closure that humans migrated out of Africa. There is evidence that the Gulf Stream made Northern Africa drier and savannahs developed where previously had been forests. This coincides with humans walking more upright. I never thought about the relationship of this small strip of land and human migration out of Africa. Sure, it makes sense that this land bridge would allow species to cross from North America to South America and would ultimately affect biodiversity on land. But would it also affect global climate and indirectly facilitate human evolution?

All our #istmobiome workshop participants. A diverse sample of contemporary Homo sapiens.

What we are studying right now is how the rise of the isthmus affected marine life and symbioses in particular. We are working on many different marine host systems including urchins, porcelain crabs, snapping shrimp, reef fish and lucinid clams. If you want to read more about the workshop and what we discussed, check out our istmobiome website:

Now we are writing a white paper about what we discussed at the workshop. Stay tuned!

I would like to shout out a big thank you to all participants, the Moore foundation for giving us money and sending Jon Kaye – a very congenial person; and the Smithsonian Tropical Research Institute (STRI) for financing and facilitating this workshop. Last but not least, I want to thank Ben for keeping me sane.

Full of good spirits

And Jonathan for mentoring me. Jonathan is such a good person that there are no English words for him. Hence, I tried to introduce him in Swiss German… Check out our live tweets from the workshop under the hashtag #istmobiome!


After the workshop and collecting more clams, my family came and spent a few days with me in the jungle of isla Bastimento. I love Panama. And I am trying to share this with my closest ones.

Precious cargo




Poster of our research at #LAMG2018

Two weeks ago, we presented at poster about our current fish research at the Lake Arrowhead Microbial Genomics Meeting #LAMG2018.


In most species with an external breeding system and no parental care it is generally assumed that males only provide genes to the next generation. Recent studies however demonstrated that offspring can also inherit non-genetic traits, such as epigenetic effects or bacteria. Here we characterized symbiont bacterial communities in milt of brown trout (Salmo trutta) and rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) and tested whether bacteria are transferred from the father vertically to the next generation. We used a full-factorial breeding design and in vitro fertilizations in order to separate genetic and environmental effects on offspring performance. For the fertilizations we either washed milt with antimicrobial compounds or we left it untreated. We found a high diversity of bacteria in the milt of different sires and we monitored bacterial communities on developing embryos until one day after hatching. Offspring that originated from washed milt hatched later and were smaller than their natural fullsiblings. This difference in size persisted until ten days after hatching (the end of our experiment). Our results are discussed in the light of anthropogenic influences (i.e., micropollutants in freshwater systems) and the coevolution of hosts and their microbiomes.

PIT tagging

Während meinen Untersuchungen im Winter 2016 und 2017 in Zusammenarbeit mit Claus Wedekind von der Uni Lausanne, dem Kanton Graubünden (Marcel Michel, Amt für Jagd und Fischerei AJF) und Roland Tomaschett, dem Fischereiaufseher in Trun haben wir bereits einiges über die Bachforellen in Vals gelernt.

Etwa 40% der Weibchen laichen während der Laichzeit nicht. Sie sehen normal und gesund aus. Genetisch stellen sie keine Untergruppe dar. Es gibt keine Anzeichen von Inzucht. Ihr genetisches Geschlecht stimmt mit dem Phänotypen überein. Sie haben kein Y-Chromosom und besitzen normale Ovarien. Wir wissen immer noch nicht warum sie nicht laichen. Diesen Winter möchten wir sie markieren um herauszufinden, ob sie ein Jahr später laichen werden. Vielleicht laichen sie nur jedes zweite Jahr um Ressourcen zu sparen.

Im Rahmen des jährlichen Laichfischfangs in Trun (geplant für den 17. Oktober 2018) schlagen wir vor, eine Stichprobe von laichreifen Rognern, sowie auch eine Stichprobe von unreifen Laichtieren nach Trun in die Fischzucht zu bringen (analog zu den Versuchen in 2017).  In der Fischzucht in Trun werden diese Fische dann nach Laichreife sortiert und sachgemäss betäubt. Die betäubten Fische werden vermessen und mit einem Transponder markiert. Gemessen werden Fischlänge, Gewicht und Fettanteil (ich werde mein persönliches Messgerät mitbringen, das wir erfolgreich für Regenbogenforellen in Kalifornien eingesetzt haben).  Als Transponder werden PIT tags (Passive Integrative Transponders) vorgeschlagen da sie (i) inaktiv sind (senden keine Radiowellen aus und brauchen keine Batterien), (ii) einen individuellen Barcode enthalten und so jedes einzelne Tier wiedererkannt werden kann, (iii) wasserdicht, steril und für das Tier störungsfrei sind.  Die Fische werden nach dem Experiment wieder am natürlichen Laichplatz ausgesetzt.

Beim Laichfischfang ein Jahr später können die Fische individuell wiedererkannt werden und es wird bestimmt werden, welche Fische nun laichen oder nicht. Weiter können dank den individuellen Transpondern auch wertvolle demographische Daten über Laichreife, Fruchtbarkeit und Überlebensraten gesammelt werden. Falls das Aussetzen von Laichen keine natürliche Überlebensstrategie darstellt sondern ein Problem müssen wir herausfinden, was mit den Valser Forellen nicht stimmt. Vielleicht hat es Mikroverunreinigungen im Wasser? Der Steinbruch oder Verhütungshormone könnten da eine Rolle spielen.

Als Vorbereitung für dieses Markierungsprojekt habe ich vor zwei Wochen einen Kurs im Markieren von Fischen in der Warm Springs Hatchery in Geyserville, Kalifornien besucht. Mein Lehrer war Ben White, der lokale Fischereiaufseher.

Linnea durfte seine Fische füttern!

Normalerweise werden die Transponder einfach in die Bauchhöhle eingeführt. Da unsere Fische in Vals aber kurz vor dem Laichen stehen ist das keine gute Idee. Die Wahrscheinlichkeit ist gross, dass die Transponder während dem Laichen verloren gehen. Sie können mit den Eiern abgelaicht werden. Deshalb musste ich lernen, wie ich die Fische im Rücken in den dorsalen Muskel markieren kann ohne sie dabei zu verletzen.

Zuerst habe ich mit ein paar toten Silberlachsen (Oncorhynchus kisutch) geübt. Die sind am gleichen Morgen gestorben und ich durfte sie zum Üben brauchen.

Das hat gleich gut geklappt. Als Test habe ich dann meinen Tag wieder gesucht…

Am Nachmittag haben wir zehn junge Regenbogenforellen markiert (2 Jahre alt). Diese Fische hat Ben nach der Markierung eine Woche lang überwacht. Alle haben die Prozedur überlebt und schon nach zwei Tagen war keine Wunde mehr erkennbar.

Da Geyserville nicht gerade auf dem Weg liegt haben wir gleich das Wochenende in der Gegend verbracht und im Zelt an ein paar spektakulären Orten übernachtet.

Hier schlagen wir das Nachtlager auf!

Geyserville heisst nicht umsonst Geyserville. Hier gibt es viele heisse Quellen und Geysire. Wir haben einen verässlichen Geyser besucht. Er hat mich sehr beeindruckt. Und auch motiviert. Während den letzten zwei Wochen habe ich drum mit Cassie unser Paper über Mikroorganismen in heissen Quellen auf der Kamchatka Halbinsel in Russland fertig geschrieben.

Old faithful in Geyserville

Embracing advocacy in science

Freshwater systems are endangered. Habitat degradation, chemical pollution, altered hydrology, species invasions, overexploitation and climate change are threatening these habitats, here and now. The American Fisheries Society is trying to raise awareness about the importance of freshwater ecosystems. These systems can be considered biodiversity hotspots and they provide ecosystem services. However, it is really hard to lobby for them because the human use of freshwater for agriculture, energy and other economic developments (T)trumps conservation concerns in the society. We are responsible – I feel responsible, for making the public aware of their freshwater systems. We need to go out and communicate with the people.

Two weeks ago, I was invited by Suzanne Kelson, a PhD student in Stephanie’s lab to go talk to high school students from Moraga, a small town in the neighborhood of Berkeley. We went out to a little creek and discussed this freshwater habitat in the field with students. We measured stream flow, invertebrate biodiversity, hydrology and explained how a watershed is built up. I talked about fish migration, reproduction and the interaction with bacteria in salmonids, mostly steelheads. Each little station that was led by Suzanne, Hana Moidu, Jordan Wingenroth, and Brian Kastl gave the students insight into a different study area of freshwater biology. Together we provided each puzzle piece to give the students a greater picture. I felt like they walked away with more awareness for their surrounding environment. They were surprised to see so much in their little neighborhood creek. I am convinced they will experience their party/stroll/car- or bike ride at the river differently next time.

Back at home I read an essay in the Fisheries Magazine April 2018 by Marcy Cockrell, Kate Dubickas, Megan Hepner, and Matthew McCarthy (Fisheries, Vol 43, No. 4). They are reaching out to scientists and encourage them to advocate for policy issues. The believe that all citizens have a responsibility to engage in the political process, especially scientists. Advocating for science-related issues should not be a conflict of interest but a necessary step towards a more holistic scientific method and a more informed society.

They list the following nine guidelines how scientists could advocate:

  1. Gain experience working with a variety of activities and organizations.
  2. Join a professional society that already plays a role in advocacy, for example AAAS (the American Association for the Advancement of Science).
  3. Become involved with local or national chapters of conservation-minded NGOs, trade organizations, or general membership groups.
  4. Be proactive in communicating science.
  5. Engage in dialogue with decision makers.
  6. Gauge interest among colleagues.
  7. Build and use your network.
  8. Apply to formal opportunities for communication training and professional development.
  9. Vote!

Thank you Suzanne for inviting me to your outreach activity. I think we took care of points 4, 6 and 7. I also would like to thank Stephanie for being a great role model how to actively pursue all numbers 1-9, advocating for freshwater sciences and building a great community of freshwater scientists (for example Mary Power, Ted Grantham and Albert Ruhi), a new hotspot at UC Berkeley!

Brian Kastl explains to the students how to calculate water flows in the creek.

Kurt Fausch – Lessons on connectivity and connections from four decades of research on rivers

Der Ökologie Professor von der Colorado State University – Kurt Fausch – hält heute einen Vortrag an der Universität Berkeley. Er ist diese Woche zu Gast in unserer Gruppe.

Ich schreibe wieder einmal einen Beitrag auf Deutsch. Das Thema ist aktuell und extrem wichtig, auch in nicht-englischsprachigen Ländern.

Das Bild ist von Kurt’s Webseite wo sein Buch beschrieben ist ‘For the Love of Rivers’:

Ich durfte gestern etwas Zeit mit Kurt verbringen und ihn zum Mittagessen einladen. Dabei hat sich herausgestellt, dass Kurt’s Grossvater, ein Bauer von Seewis im Prättigau, nach Minnesota ausgewandert ist. Nach dem ersten Winter in der eisigen Kälte mit drei kleinen Kindern haben sich die Prättigauer entschieden, nach Colorado weiterzuziehen. Kurt’s Vater hat im zweiten Weltkrieg in Japan gekämpft. Als er zurück kam wurde er Professor an der Cal Poly Universität in Pomona, CA, das ist in Südkalifornien.Er war einer der ersten Professoren im Animal Science Department und hat Genetik anhand von Merkmalen studiert. Sein Fachgebiet war die Zucht von Nutztieren und die Vererbung von Merkmalen wie zum Beispiel der Anteil von Wolle in Schafen, oder Rückenfett in Schweinen.

Jetzt gehts los.

Kurt hat sein ganzes Leben davon geträumt, einmal einen Vortrag an der UC Berkeley halten zu dürfen. Jetzt ist er hier.

In seinem Vortrag geht es um die Bedeutung von Flüssen für Fische und Menschen. Kurt’s Karriere wurde stark von Shigeru Nakano beeinflusst, einem Ökologen aus Japan. Die beiden haben Experimente durchgeführt um zu zeigen wie Flüsse und Wälder verbunden sind und das ganze ein Ökosystem darstellt und nicht zwei unabhängige Systeme. Dazumal dachte man, dass Flüsse vor allem einfach Dinge aufnehmen wie Blätter, Sträucher und Bäume die reinfallen. Es hat sich niemand Gedanken darüber gemacht, ob der Fluss auch wichtig ist für seine Umgebung. Nakano hatte die Idee, ein Dach über einen Fluss zu bauen, das den Fluss vom Umgebungswald abtrennte. In diesem Experiment konnten sie zeigen, dass der Fluss als Lebensraum für viele ‘Waldinsekten’ dient und wie ‘Waldinsekten’ als essentielle Nahrungsmittel für Fische dienen. Die Experimente wurden auf der ganzen Welt wiederholt und haben viele spannende Interaktionen auf mehreren trophischen Ebenen offengelegt.

Zum Beispiel Vögel und Fledermäuse in Wäldern beziehen einen Viertel ihrer Nahrung aus den Flüssen. Oft fällt das Auftauchen von Mückenlarven in den Flüssen zusammen mit der Jungenaufzucht und ist essentiell für diese Mütter, um ihre Jungen über die Runden zu bringen.

Kurt sagt, Fischbiologen, die in Flüssen arbeiten, sollen ab und zu aufstehen und herumschauen, was um den Fluss herum lebt und fliegt und kriecht.

Shigeru Nakano hat im Jahr 2000 Mary Power besucht und sie hat ihm ihr Angelo Coast Range Reserve gezeigt. Mehr über den Angelo Park hier. Ein Tag später hat Shigeru einen Ausflug gemacht in die Sea of Cortez. Er wollte auf eine Insel um dort Feldarbeit zu erledigen. Das Boot ist verunglückt und er ist nie wieder aufgetaucht.

Er war Kurt’s Freund und Kurt hat einen Artikel über ihn geschrieben. Hier ist ein paper über die wichtigsten Erkenntnisse von Nakano.

Alle grossen Fische in Süsswasser Systemen brauchen verschiedene Habitate um zu überleben. Futterstellen sind nicht am gleichen Ort wie Laichgebiete. Um diese Habitate zu erreichen legen sie Distanzen zurück. Zum Teil sehr grosse Distanzen, wenn man zum Beispiel an Lachse denkt. Da Fische schwimmen brauchen sie ein intaktes Flusssystem ohne Lücken oder Barrieren. Kurt konnte in einem Fluss in Colorado nicht nur zeigen, wie wichtig das lückenlose Flusssystem ist, sondern auch wie unabdingbar die verschiedenen Habitate darin sind. Fische brauchen Pools und Stromschnellen. Zum einen wachsen darin verschiedene Insekten als Futter und zum anderen können sie sich an Stellen mit optimalen Wassertemperaturen zurückziehen. Fische brauchen als nicht nur Flüsse sondern ganze Flusslandschaften.

Der kritische Leser fragt sich nun vielleicht wie es kommt, dass an vielen Orten, wie zum Beispiel in der Schweiz, Forellen überleben können, die auf kleine Strecken beschränkt sind. Denen geht es doch ganz gut? In West Brook, Massachusetts haben Yoichiro Kanno et al. gezeigt, wie ein einziger Störfaktor so eine Bachsaibling Population zugrunde gerichtet hat. Diese Population lebte in einem Flussabschnitt von 6km obwohl sie ursprüngliche Wanderforellen waren. Nachdem Holzfäller einen kleinen Zufluss abgezweigt haben weil sie eine Strasse im Wald brauchten, ist die Fischpopulation ausgestorben. Diese Population war nicht belastbar weil ihr Habitat so einseitig war.

Kurt beendet seinen Vortrag mit der Einsicht, wie wichtig Flüsse auch für Menschen sind.

Das Geräusch von Flüssen oder schon nur die Ansicht von Flüssen auf Fotos wirkt beruhigend auf uns. Zum Beispiel beim Zahnarzt. Er ist überzeugt davon, dass Flüsse zur Evolutionsgeschichte von Menschen gehören. Wir leben erst seit ein paar hundert Jahren in Städten. Zuvor haben wir an Flüssen gelebt. In Zukunft werden wir mehr Wasser brauchen. Für Strom und zum Trinken. Wenn Flüsse verschwinden, dann werden die Fische verschwinden und die Tiere in den Wäldern. Kurt schlägt vor, dass wir eine Ethik Kommission gründen, die sich um die Bewirtschaftung der Flüsse kümmert.

Eine Studentin fragt, wie wir unsere Flüsse in Zukunft erhalten können, wenn die Landwirtschaft soviel Wasser braucht um uns zu ernähren?

Happy Chinese New Year

I am back from Panama. Living and working in California. This month I have to do a a lot of bioinformatics. Several datasets are waiting to be analyzed. I am now actively using R Markdown and Jupyter notebooks to make my work more transparent and reproducible. Stephanie organized a workshop for the Carlson, Power, Ruhi and Grantham group at UC Berkeley on data management plans. I found myself in all categories: the planning stage of a project, fieldwork, wet lab, data analysis, statistics, bioinformatics, preparing a paper, and post-publication. This is postdoctoral life. And it is beautiful.

Last week I read this blog several times. It gives me goosebumps because it describes my life in very beautiful words. It touches me right in the middle. What is a postdoc?

This blog post is by Jeremy Yoder, now professor Jeremy Yoder. He is a member in the committee of The Molecular Ecologist. They offered me to write blog posts for their website. I am extremely happy to fulfill this job. The journal Molecular Ecology is one of my favorites and I find it important to make its publications accessible to everybody. Writing for this website is one step in the right direction. I am planning to explain exciting Molecular Ecology articles to the general public and discuss trends in this field of research. Additionally, I am also looking forward to contributing articles about the challenges and strategies of researchers (mostly postdocs) who are trying to juggle work and family. I envision this website as a platform to assist academia in becoming a more inclusive environment. I know that the other bloggers are on the same page and I am extremely thankful that they offered me to become a part of their writing team.

I have been half sick as of yesterday and today. However, as a parent you cannot just lie in bed and wait until you recover. Sorry world for spreading my bugs. Yesterday afternoon, we went to Stinson beach to remember at what a beautiful place we are allowed to life. Today we joined the Chinese New Year party at the UC village. Such parties make this place unique. It feels so special to walk 300m to a community center and meet fellow researcher families from all over the world on a boring Sunday to celebrate the year of the dog. We met people who spoke Mandarin, Bangla, Japanese and English. We used too much glitter, ate good free food and took silly photos. I am enjoying every second of being affiliated with the best public university in this country.